Partendo quindi dallíanalisi di geni virali codificanti proteasi, trascrittasi inversa, integrasi, gp120, gp41, tat e rev questo progetto si propone come modello innovativo per comprendere meglio le correlazioni tra la genetica di HIVï1 e i meccanismi di patogenesi dellíAIDS, mettendo in relazione nello stesso paziente il genotipo virale con parametri clinici, virologici e immunologici. Tale progetto si propone di costituire un ampio database con dati di sequenze genetiche virali di un migliaio di pazienti, e i relativi dati di viremie, CD4, terapie, evoluzione della malattia e altre informazioni necessarie ad una caratterizzazione dei pazienti e dei loro virus.

Tali informazioni saranno analizzate tramite modelli matematici innovativi e complessi al fine di ricercare aree conservate del genoma virale, identificare fattori genetici virali predittivi di sviluppo e progressione di malattia e/o di fallimento terapeutico, caratterizzare i pattern di mutazioni associati alla farmacoresistenza, e quindi proporre nuove strategie diagnostiche, terapeutiche e vaccinali.

La fattibilità di questo studio e' resa possibile da una combinazione di fattori, quali risorse economiche (ottenibili tramite meccanismi di cofinanziamento), competenze verticali (dalla biochimica alla matematica, alla virologia e alla clinica), strumentazioni allíavanguardia (apparecchi per high throughput sequencing, molecular modelling, heavy calculators for neural network evaluation), e coorti di pazienti attendibili (italiani e non) seguite nel tempo, di cui sono disponibili informazioni dettagliate nonche' campioni biologici correttamente conservati. Tutti questi fattori sono stati radunati intorno a questo progetto. Il gruppo proponente e' leader assoluto in ambito microbiologico italiano quanto a numero e rilevanza di pubblicazioni sull'AIDS negli ultimi anni, in termini di impact factor. Il gruppo ha infatti un'esperienza e competenza pluriennale nel sequenziamento e nella modellistica matematica e strutturale di HIV. In particolare si e' specializzato nello sviluppo dei test di resistenza ai farmaci antivirali con finalità di applicazione nella pratica clinica e in ricerche mirate allo studio dei meccanismi di escape del virus dalla terapia. Esso dispone gia' di un ampio database di farmacoresistenza con dati virologici, clinici, immunologici e dati di sequenze di proteasi e trascrittasi inversa, ad oggi di 3081 campioni sequenziati, di circa 2500 pazienti [trattati con farmaci antiretrovirali e non (naïve)].